En av de idag bäst bevarade järnvägsbyggnaderna längs Nynäsbanan är lokstallet vid Nynäsgård. Lokstallet är sedan 1986 hemvist för föreningen Nynäshamns Järnvägsmuseum. En av föreningens målsättningar är just att bevara och återställa detta lokstall som lokverkstad i början av seklet. Detta arbete har bl.a. medfört att länsstyrelsen i Stockholms län byggnadsminnesförklarade lokstallet 1999.
Lokstallet vid Nynäsgård stod klart år 1900, ett år innan banan öppnades. Det faktum att lokstallet byggdes vid Nynäsgård (som vid denna tid hette Kullsta) och inte vid slutstationen i hamnen, vilket hade varit naturligt, hade militära orsaker. Man ville bygga lokstallet på en plats som var skyddad mot beskjutning från havet. Redan 1903 släppte militären detta krav och 1906 byggdes ytterligare ett treportars lokstall vid Lövlund i Nynäshamns hamn.
Lokstallet vid Nynäsgård byggdes som ett fyraportars stall i tegel och med en 15 meters vändskiva, levererad av Karlstads mekaniska verkstads filial i Kristinehamn 1901. Lokstallets fyra spår försågs alla med smörjgravar. I lokstallets östra del byggdes en tvåvånings tornbyggnad med en vattentank högst upp. Vid västra gaveln byggdes en smedja år 1902, med ässja och bälg under tak, men troligen utan väggar. Söder om vändskivan byggdes på höger sida om spåret en mindre förrådsbyggnad i trä som senare förlängdes söderut. I anslutning till denna förrådslänga byggdes också en snickeriverkstad, årtal för de olika byggnadsetapperna har ej gått att få fram. 1953 gjordes sista tillbyggnaden av förrådet i norra ändan med en tegelbyggnad för kontor och utlämning av material.
När det nya lokstallet i Lövlund stod klart 1906 kom det mesta av den dagliga lokdriften att koncentreras dit. Lokstallet vid Nynäsgård kom istället att utrustas som verkstad för underhåll och revisioner av Nynäsbanans fordon. 1905 sattes en kraftig lyftanordning i form av två stora kedjelyftblock (lyftande 2 gånger 8 ton) fast i en kraftig balk över spår 1. Denna balk finns kvar än idag.
År 1909 köptes två svarvar för 1 145 respektive 840 kronor, en pelarborrmaskin för 810 kronor, en borrutväxlingsapparat för 91 kronor samt en smärgel för 195 kronor, allt drevs av en 1,5 hk elmotor via läderremmar, transmissionsskivor och stänger. Elmotorn kostade 145 kronor. Tidigare hade enbart handverktyg funnits. 1910 inköptes en större elmotor på 3,5 hk för 318 kronor, tillsammans med en hyvel för 1,500 kronor. Därefter blev det i stort sett bara kompletteringar, maskinerna fanns kvar ända till SJs övertagande av Nynäsbanan. Under 1930-talet försågs smedjan med väggar av trä, och därmed blev smedjan en populär kaffe- och värmestuga för verkstadspersonalen. 1933 köptes en begagnad hjulsvarv från SJ, som ställdes mot bakre väggen på spår 2. Samtidigt byggdes en sänkgrav med pelardomkrafter mellan spår 1 och 2 för lokaxlar. Spår 3 förlängdes år 1944 sedan lok 11 inköpts, som var 17,4 meter långt.
År 1916 byggdes en vagnverkstad med två spår på den sydligaste delen av tomten. I denna byggnad användes den västra delen för revisioner av personvagnar och målning, den östra delen för övriga arbeten samt som motorvagnsverkstad när motorvagnarna kom i slutet av 20-talet. År 1947 gjordes en utbyggnad av denna byggnad. Den befintliga byggnaden förlängdes med ca 10 m. Samtidigt revs en större förrådsbyggnad i trä bredvid vagnverkstaden alldeles intill huvudspåret mot Nynäshamn. En ny verkstadsbyggnad för motorvagnar och motorlok påbörjades där, alldeles vägg i vägg med gamla vagnverkstaden. Den nya verkstaden innehöll två spår, varav ett med grav.
I slutet av 1920-talet påbörjade SNJ sin busstrafik. Därför byggdes i början av 1930-talet ett bussgarage med plats för två bussar och en smörjgrop, öster om lokstallet. 1941 förlängdes garaget till 22 m. Sist tillbyggdes 1953 en tegelbyggnad med ett spår intill norra gaveln på bussgaraget.
Om vi studerar själva lokstallet lite mer så är det indelat i två skepp med två spår vardera. Över samtliga stallspår fanns det ursprungligen rökhuvar för att kunna elda på ånglok inne i stallet, idag har två spår fått tillbaka rökhuvar. Ovanför stallspåren fanns det tidigare även takfönster för att förbättra ljusförhållandena i lokstallet. När längre fordon anskaffades tvingades man göra uttag i bakgaveln för motorvagnarnas buffertar, för att dessa skulle få plats i lokstallet. Kaminer fanns mellan portarna och eventuellt vid bakväggen vid spår 4. Värmeelement för ånga fanns i smårummen och längs baksidan.
Vanligtvis går man in genom porten till spår 1. Då har man på nedervåningen direkt till höger lokmästarkontoret och en dåvarande finmekanikerverkstad (det nuvarande matrumet). Därefter till höger kommer det nedre tornrummet. 1902 utrustades rummet med den stående ångpannan för värme och drivning av en vattenpump samt spolning av ångpannor. Från rummet går en trappa upp till tornbyggnadens övervåning. Där fanns tidigare en matsal samt ett överliggningsrum för lokputsare. Ytterligare en trappa upp finns den stora vattentanken som var förbunden med vattenhästen på lokstallsgaveln. Längst bort på bottenvåningen finns ett rum med arbetsbänk, detta användes tidigare som verktygsförråd, omkring 1950 flyttades den mindre svarven in i detta rum. Tidigare stod denna svarv utanför tillsammans med en större svarv och övriga maskiner.
Längs bort, till vänster om spår 4 ligger smedjan. Smedjan bestod, förutom av ässja och bälg, av en fjäderhammare, en planhäll och ett 300 kg städ, samt arbetsbänkar för lagergjutning, fjäderrenovering och annat smidesarbete
Bakom lokstallet fanns en tvättstuga och ett förråd, där fanns även kolonilotter för järnvägens anställda. Det fanns även en damm/brunn för lokvatten på tomten, vattnet togs från Älgviken med en pumpstation på vägen.
När SJ tog över SNJ flyttades allt fordonsunderhåll successivt över till verkstäderna i Hagalund. Nynäsgårds lokstall uthyrdes till en smidesfirma, AGESSA, som bland annat sysslade med godsvagnsreparationer, främst tankvagnar åt Nynäs petrolrum. Därigenom blev järnvägsmiljön intakt. 1985 upphörde firman med sin verksamhet i byggnaderna, och NJM fick möjlighet att nyttja byggnaderna från 1986.